Автономный регион в составе Республики Судан в 2005-2010 гг. Занимал около трети от общей территории страны. До обретения Суданом независимости (1956 г.) Южный Судан имел автономное от северной части управление и находился под протекторатом сначала Египта, а затем Великобритании.
Население Южного Судана коренным образом отличалось от населения северной части государства. Доминирующей конфессией здесь являлось христианство, в то время как на севере – ислам. Основные группы населения Южного Судана - динка и нуэр, тогда как на севере преобладали арабы.
Обнаружение в 1950-х гг. на территории Южного Судана крупных нефтяных месторождений стало поводом для исламской экспансии на Юг. Это вызвало сопротивление, и в 1972 г. Юг Судана добился автономного статуса. Автономия была фактически свернута, когда в 1983 г. началась новая волна экспансии арабского Севера на южные территории. Это привело к кровопролитной гражданской войне. Она завершилась в 2005 г. подписанием пакета двусторонних соглашений, которые конституционно установили автономный статус Южного Судана, предоставили автономии значительные преференции политического и экономического характера.
Конфликт, тем не менее, продолжался, и власти Южного Судана использовали предоставленную соглашениями 2005 г. возможность проведения референдума о независимости. В январе 2011 г. в Южном Судане состоялся референдум, на котором 98,83% населения проголосовало за независимость. 9 июля 2011 года Южный Судан обрел суверенитет.